적용 범위와 확인 시점

운영 공개 앱은 AURORA와 PepDesigner다. 확인일은 2026-09-13이며, 아래 배포 이력과 실측은 2026-09-12 기록을 기준으로 한다. 소스에 구현된 기능과 실제 서비스에 배포된 기능을 구분한다.

소스 정본

경로 기준은 /mnt/S1/sdata/agents/다. c3에서는 /data/agents/ 마운트 경로를 사용하며 다른 서버의 경로는 실제 마운트를 확인한다.

각 앱의 ContextBio/<앱>.git는 bare 이력 저장소다. 실행하거나 소스를 수정하는 폴더가 아니다. 작업 전 해당 저장소의 git status, git worktree list, 원격과 브랜치를 확인한다.

AURORA 파이프라인의 별도 정본은 c3 /data/Rpackage/SEQprocess/R/이며 배포 원격은 contextBio/SEQprocess의 master다. /data/Rpackage/SEQprocess/inst/webapp/의 과거 앱 사본이나 그 안의 배포 스크립트를 사용하지 않는다.

변경과 배포

1. 개발 또는 격리된 작업 트리에서 변경하고 검사한다. 운영 작업 트리의 기존 미커밋 변경을 보존한다.
2. 검증한 변경만 운영 브랜치에 반영한다. 릴리즈 스크립트의 dry-run으로 병합 범위를 확인한다.
3. 백엔드와 파이프라인 런타임을 배포한 뒤 실제 프로세스 버전과 작업 실행을 확인한다. 실행 중인 작업은 기존 런타임을 유지한다.
4. 화면·문서 변경은 회사 사이트 워크플로로 별도 배포한다. 앱 저장소 푸시만으로 사이트 워크플로가 자동 실행된다고 가정하지 않는다.
5. 문서·위키·정적 사이트 빌드와 python tools/check_release.py를 통과시킨다. 배포 후 화면, 인증, API, 작업 기록을 확인한다.

회사 사이트의 RELEASE_APPS로 공개 범위를 유지한다. 초안은 draft: true, 과거 운영 자료는 빌드 제외 보관 폴더에 둔다. 복원 배포에서도 두 앱 공개 범위를 유지한다. 위키 화면의 관리자 확인은 정적 HTML 자체의 접근 통제를 보장하지 않으므로 비밀값과 민감한 작업 데이터를 기록하지 않는다.

계산 실행 규정

2026-09-12 검증된 기본 경로는 c1이 관리하는 Slurm이다. API 서버와 실제 계산 노드는 다를 수 있다. 제출 실패를 이유로 무제한 로컬 계산으로 전환하지 않는다. CPU·메모리·GPU 할당, 작업 ID, 로그, 종료 코드와 취소 처리를 남긴다.

AURORA는 파이프라인 단계별 자원과 배열 작업을 배정한다. 당시 기본 한도는 배열 동시 작업 64개, 배열별 CPU 예산 256개, 메모리 예산 2 TiB, I/O 동시 작업 32개다. 이는 전체 사용자에 대한 전역 예약이 아니며 전체 클러스터 배분은 Slurm이 담당한다. PepDesigner는 공유 런타임을 검증한 g2·g3·g4를 기준으로 배정한다.

2026-09-17 사용자 지시로 공용 Slurm 운영 규약(SLURM_POLICY.md)을 앱 계산에도 적용한다. 이 규약이 2026-09-13 과학 계산의 직접 auto 실행 예외를 대체한다. AURORA는 AURORA_EXECUTOR=local을 거부하며 PepDesigner의 새 작업·재개는 기존 PEPD_COMPUTE_MODE=auto 설정에서도 Slurm을 사용한다. 기존 직접 작업은 상태 조회·취소만 유지한다.

실행 전 Slurm 할당과 MUSE 물리 사용량·수집 시각, 노드별 런타임·공유 경로를 확인한다. 독립 작업은 검증된 array/병렬 실행기로 분산하며 CPU 스레드는 할당에 맞춘다. 예상 시간·가속은 실측 근거와 불확실성을 기록하고 처리량으로 갱신한다. 입력·코드·런타임이 일치하는 검증 산출물은 근거를 연결해 재사용하되 필수 검증·과학적 기준은 유지한다. 작업별 시작·종료·경과·상태·산출물 검증을 앱의 기존 기록에 남긴다. g1의 영구 제외는 없지만 앱별 런타임 재검증을 완료하기 전에는 기존 적격성 제한을 유지한다.

공통 운영 정본은 사이트 저장소 루트의 SLURM_POLICY.md다. 상세 사전점검·ETA·재사용 규약은 운영 절차이며 모든 항목의 자동화 구현을 뜻하지 않는다. Qwen 공유 추론 서비스의 생명주기는 별도이며, 이 변경은 서비스 교체·모델 설치를 승인하지 않는다. 소스 반영, 백엔드 재시작, 사이트 공개 배포를 각각 확인하고 기록한다.

PepDesigner LLM 권한

사용자 패널에서 허용된 LLM 모델을 선택하고 자연어로 파이프라인 구성을 요청한다. LLM 출력은 허용된 파이프라인 설정 스키마만 제안할 수 있다. 서버가 필드·값·사용자 권한을 검증한 설정만 반영한다.

자연어 입력이나 모델 출력으로 시스템 정보·환경 변수·키·토큰을 내보내거나 서버 설정, 인증, 모델 제공자 URL·자격 증명, Slurm 정책을 변경할 수 없다. 임의 셸 명령과 파일 접근도 파이프라인 제안 권한에 포함되지 않는다. 모델 선택은 이 권한을 확대하지 않는다. 모델 연결 및 시스템 설정은 별도 운영자 관리 대상이며 프롬프트 지시만으로 접근 통제를 대신하지 않는다.

AURORA 런타임과 실측 기준

2026-09-12 검증된 앱 커밋은 e4aedf8, SEQprocess 소스 커밋은 8eb07105941b65ce050afd24ea5234dda45660ba다. 설치 위치는 /data/workbench/AURORA/runtime/rlib/<커밋>/SEQprocess2이고 current 링크로 새 작업의 버전을 선택한다. 기존 시스템 R 라이브러리를 덮어쓰지 않는다. 실제 배포 버전은 로컬 HEAD 대신 서비스와 작업 기록으로 확인한다.

g1 RNA-seq 파일럿

마우스 GRCm39 / GENCODE vM39, 49,002 paired reads를 g1 로컬 디스크에서 정렬하여 정렬된 BAM을 만드는 구간을 측정했다. CPU는 STAR 2.7.10a, GPU는 Parabricks 4.7.1-1과 별도 STAR 2.7.2a 호환 인덱스를 사용했다.

이 입력에서는 GPU가 CPU 16 스레드 평균 223.62초보다 느려 CPU Slurm 경로를 유지한다. 78,289개 유전자 count는 완료된 CPU/GPU 결과에서 정확히 일치했다. 이는 모든 정렬·접합부·후속 분석의 동등성을 보장하지 않는다.

GPU 구성별 측정은 1회이며 전체 샘플 처리량을 입증하지 않는다. CPU/GPU의 소프트웨어·인덱스 형식·CPU 할당이 다르다. 다운로드, 인덱스 생성, 입력 복사, 대기 시간, trimming 및 후속 정량은 시간에서 제외했다. CPU 첫 cold 실행 440.64초를 기준으로 GPU 가속률을 부풀리지 않는다. WGS/WES와 다른 GPU 모델의 속도는 아직 실측하지 않았다.

g1의 이 벤치마크 성공은 공유 NFS 런타임의 운영 재검증이나 일반 계산 풀 편입을 의미하지 않는다. 운영 투입 전 서비스 계정·컨테이너의 공유 경로 접근, 런타임, 제출·로그·취소를 별도 검증한다. /data/workbench처럼 로컬로 보이는 경로도 NFS 심볼릭 링크일 수 있으므로 실제 대상의 파일시스템을 확인한다. Slurm 대기열 외 GPU 사용도 점검하며, 취소 시 해당 작업의 컨테이너까지 종료되었는지 확인한다.

내부 실측 원본은 작업공간 .release-audit/2026-09-23/aurora/aurora-rseq-benchmark-20260912/README.md와 JSON·로그, 배포 근거는 .release-audit/2026-09-23/aurora/aurora-slurm-validation-20260912/DEPLOYMENT.md에서 관리한다.

전체 입력·출력·JSON·로그는 작업공간 .repository-archive/2026-09-23/.aurora-*.tar.gz에 보존하며, 압축본 복구 방법은 같은 폴더의 README.md를 따른다.