서비스

Cortex

Contextual Omics Reasoning and Translational EXploration

연구실 유전체·멀티오믹스 데이터를 함께 분석하는 AI 코사이언티스트. 웹 화면 없이 연구실 분석 서버에서 대화형으로 씁니다.

무엇을 하는 서비스인가

Cortex 는 연구실의 유전체·멀티오믹스 데이터분석 코사이언티스트입니다. 코드를 대신 써 주는 도구에 그치지 않고, 가설을 함께 세우고 연구실 자체 R 패키지·큐레이션 데이터베이스· 문헌과 표적 지식을 엮어 재현 가능한 분석을 설계하고 실행하고 해석합니다.

새 분석을 시작할 때도, 이미 진행 중인 연구실 프로젝트의 분석을 이어받을 때도 씁니다. AURORA가 원자료를 정렬·정량·변이 검출까지 처리한다면, Cortex 는 그 결과를 받아 군간 비교·생존 분석·단일세포 해석 같은 하류 분석과 해석을 맡습니다.

시작하기 전에 알아야 할 것

웹 화면이 없습니다. 회사 사이트의 서비스 목록에 Cortex 카드가 있지만 단추는 "준비중"으로 비활성이고, 서비스 주소로 들어가도 홈으로 돌아갑니다. Cortex 는 웹 서비스가 아니라 연구실 분석 서버에서 AI 코딩 에이전트(Claude Code 또는 Codex)를 띄워 대화로 쓰는 작업 환경입니다.

연구실 분석 서버 계정이 있어야 합니다. 연구실 구성원이 서버에 접속해 Cortex 작업 폴더에서 에이전트를 실행하면 Cortex 의 규칙·분석 절차·도구가 함께 불려 옵니다. 폴더 위치와 접속 방법은 연구실 관리자에게 받으십시오.

원본은 고칠 수 없습니다. 원본 시퀀싱 데이터와 연구실 자체 R 패키지·큐레이션 데이터베이스 영역은 읽기만 되고 쓰기는 막혀 있습니다. 분석 산출물은 모두 프로젝트마다 만드는 작업 폴더에 쌓입니다.

사이트 카드의 소개 문구는 계획된 범위도 담고 있습니다. 카드에 적힌 가상실험·가상임상시험 시뮬레이션은 지금 Cortex 가 제공하는 기능으로 확인되지 않습니다. 이 쪽에는 지금 동작하는 것만 적습니다.

할 수 있는 분석

Cortex 는 분석 종류마다 정해진 절차(스킬)를 따릅니다. 지금 갖춰진 갈래는 이렇습니다.

갈래	내용
벌크 오믹스	가져오기 → 품질 검사 → 전처리 → R 객체 생성 → 군집 → 차등발현 → 기능 농축(GO·GSEA) 의 단계별 파이프라인
체세포 DNA	WGS·WES 변이 요약(TMB·시그니처·드라이버), 복제수 변이·클론 구조
메틸화	cfDNA WGBS 메틸화 분석·DMR 마커
단일세포	QC·통합·세포유형 판정(검증 포함), CNV 기반 악성 세포 판정, 세포 간 신호, Multiome·scATAC, Perturb-seq
공간전사체	Visium 로딩·QC, 디컨볼루션 기반 세포유형, 악성 spot 판정, 공간 상호작용
기타	생존 분석, 세포주 약물반응(CCLE·GDSC·CTRP), 배치 보정, 멀티오믹스 통합, 표적 단백체(Olink), 생식세포 SNP 배열 GWAS
문헌	PubMed 검색으로 재현 가능한 문헌 목록 만들기

통계 엄밀성 검토, 재현성 감사, 문헌 해석, 결과 해석, 다음 분석 계획, 논문 형식 리포트 작성은 각각 전담 보조 에이전트가 맡습니다.

쓰는 순서

프로젝트 폴더 만들기 — 에이전트에게 새 프로젝트를 만들어 달라고 하거나 /new-project <이름> 을 씁니다. 이름은 영문 소문자와 밑줄을 권장합니다. 이미 있는 이름이면 덮어쓰지 않고 거절합니다
질문과 대조군을 알려 주기 — 무엇을 알고 싶은지, 무엇과 무엇을 비교할지, 정해 둔 임계값이나 제외할 시료가 있는지 말합니다. 첫 지시로 기록되고 이후 작업의 기준이 됩니다
데이터 연결 — AURORA 에서 넘긴 결과라면 그 프로젝트 이름을 알려 줍니다(아래 "AURORA 에서 넘겨받기"). 다른 입력은 위치를 알려 주면 복사하지 않고 제자리에서 읽습니다
분석 계획 확인 — Cortex 가 데이터 종류를 판정하고 단계와 각 단계의 통과 조건을 제안합니다. 계획은 제안이며, 승인한 뒤에 실행합니다
실행 — 무거운 전처리·학습은 연구실 계산 클러스터에 작업으로 제출합니다. 가벼운 작업은 바로 돕니다
확인과 해석 — 단계마다 표나 그림으로 결과를 보여 주고 그에 대한 해석을 적습니다. 결과가 이상하면 말로 지적하고 다시 돌리게 합니다
정리 — 필요하면 논문 형식 그림과 리포트를 만들고, /session-info <이름> 으로 실행 환경을 기록합니다

AURORA 에서 넘겨받기

AURORA 결과 화면의 CORTEX로 넘기기 탭에서 넘길 프로젝트를 고르고 단추를 누르면, 분석 결과의 R 객체와 시료 정보, 입력 파일 목록이 담긴 인계 문서(cortex_handoff.json)가 그 프로젝트에 쓰입니다. Cortex 는 이 문서부터 읽습니다.

넘기기 전에 AURORA 시료 정보 표의 비교군(group)을 채우십시오. 그 값이 인계 문서에 함께 들어가 군간 비교를 바로 시작할 수 있습니다
BAM·VCF 같은 큰 파일은 복사되지 않습니다. 인계 문서에 적힌 위치에서 그대로 읽습니다
넘길 곳은 이미 있고 쓰기가 허용된 프로젝트만 고를 수 있습니다

결과 보는 법

프로젝트 폴더는 늘 같은 모양입니다.

폴더·파일	무엇이 있나
`exdata/`	밖에서 가져온 입력 — 고치지 않습니다
`data/`	분석이 만든 R 객체 — 단계 사이에 넘겨지는 것
`scripts/`	재현 스크립트. 각 파일 머리에 입력·출력·실행 기록·해석이 적힙니다
`results/`	결과 표와 모든 그림
`reports/`	작업 일지, 분석 요약(진행 상황 포함), 다음 분석 계획, 논문 형식 원고
`README.md`	질문·데이터·방법·결과·결론 요약

스크립트 하나가 산출물 하나를 만들고, 산출물 파일명은 스크립트 파일명과 같습니다. 그림 하나를 보고 그것을 만든 코드를 바로 찾을 수 있습니다. 몇 달 뒤 누가 열어도 어떤 순서로 무엇을 했는지는 reports/ 의 작업 일지와 분석 요약에서 시작하면 됩니다.

반드시 알아야 할 것

계획과 해석은 제안입니다. Cortex 가 적는 가설·다음 분석 계획·해석은 판단의 재료이지 결론이 아닙니다. 논문에 쓰기 전에 그림과 수치를 직접 확인하십시오.

Codex 로 쓸 때는 안전장치가 다릅니다. 원본 영역 쓰기를 막는 자동 검사는 Claude Code 에서만 동작합니다. Codex 에서는 같은 규칙을 지침으로만 따르므로, 원본을 건드리는 명령이 제안되면 직접 멈추십시오.

문헌·표적 검색은 바깥 서비스를 부릅니다. PubMed 등으로 보내는 것은 검색어이지만, 검색어에 미공개 정보를 넣지 않도록 하십시오.

소프트웨어 설치 현황

Cortex 는 스스로 계산하지 않고 아래 구성 요소를 불러 씁니다. 하나가 빠지면 그 갈래만 멈춥니다.

구성 요소	무엇에 쓰나	없거나 끊겼을 때 겪는 증상
Claude Code 또는 Codex	Cortex 를 띄우는 에이전트 자체	실행이 안 되거나 로그인하라는 안내가 나옵니다
연구실 R 환경과 자체 R 패키지·큐레이션 DB	거의 모든 분석 단계	스크립트가 패키지를 불러오지 못하고 멈춥니다
연구실 계산 클러스터	전처리·학습 같은 무거운 계산	작업이 대기열에 머물거나 제출 전 검사에서 막힙니다
서버 자원 관측(MUSE)	제출 전에 빈 자원 확인	관측값이 없거나 오래되면 자원을 "유휴"가 아니라 "모름"으로 봅니다
연구실 공용 로컬 언어모델	일부 보조 작업	그 보조 작업이 돌지 않습니다
PubMed · Open Targets · Consensus 커넥터	문헌·표적 검색 (인증 없이 연결)	검색 도구가 보이지 않습니다
ChEMBL · ClinicalTrials.gov · bioRxiv · Synapse · Wiley 커넥터	약물·임상시험·프리프린트 검색	처음 한 번 대화형 세션에서 인증해야 보입니다
10x Genomics 커넥터	—	지금 연결돼 있지 않습니다

막혔을 때 할 일

에이전트에게 무엇이 없거나 끊겼는지 이름 그대로 알려 달라고 합니다
커넥터가 보이지 않으면 대화형 세션에서 /mcp 로 연결·인증 상태를 확인합니다
패키지·클러스터·로컬 모델 문제는 사용자가 고칠 수 없습니다 — 그 이름과 오류 문구를 연구실 관리자에게 전달합니다
급하면 같은 일을 하는 다른 경로가 있는지 묻습니다 — 예컨대 클러스터가 막히면 작은 시료로 먼저 확인해 볼 수 있습니다

레퍼런스

Cortex 는 분석마다 다른 프로그램을 부르므로, 실제로 쓴 것은 각 스크립트 머리와 /session-info 로 남긴 실행 환경 기록에서 확인해 인용하십시오. AURORA 에서 넘겨받은 결과를 쓴 경우 상류 처리 프로그램의 출처는 AURORA 문서의 레퍼런스에 있습니다.

마지막 수정 · 2026-09-29