연구 주제
암 공간생물학
조직 안에서 세포가 어디에 있는지를 잃지 않은 채 종양과 미세환경을 읽는 연구 — Spatial Biology in Cancers.
무엇을 보는 연구인가
암은 세포 목록이 아니라 조직입니다. 같은 유전자 발현을 가진 세포라도 종양 한가운데에 있는지, 면역세포와 맞닿은 경계에 있는지, 혈관 곁에 있는지에 따라 하는 일이 다릅니다. 공간생물학(spatial biology)은 조직 절편 위의 공간 좌표를 유지한 채 유전자 발현을 매핑해, 해리(dissociation) 기반 분석이 버릴 수밖에 없었던 이 맥락을 되살립니다.
암에서 이 맥락은 곧 질문의 핵심입니다 — 면역세포가 종양에 들어가 있는가, 둘레에 막혀 있는가, 약제 내성 클론이 어느 구역에서 자라나는가, 종양-기질 경계에서 어떤 신호가 오가는가. 모두 좌표 없이는 답할 수 없는 질문입니다.
contextBio 는 어떻게 접근하나
시퀀싱 원자료의 처리 단계는 AURORA의 재현 가능한 파이프라인 위에서 돌아갑니다 — 공간 분석처럼 전처리 선택이 결과를 크게 좌우하는 자료일수록, 무엇을 어떻게 돌렸는지가 결과물에 남아 있어야 합니다.
지금 어디까지 왔나
바탕이 되는 처리 기반이 먼저 서비스로 서 있습니다. AURORA는 원자료 폴더 지정에서 파이프라인 실행·진행 확인·리포트 수령까지를 웹에서 자동으로 잇는 서비스로 운영 중이고, 무거운 계산은 연구실 클러스터의 작업 스케줄러 위에서 돌아갑니다. 최근에는 스몰RNA 시퀀싱 처리가 더해졌고, 분석 결과를 전달하는 리포트 엔진을 새로 다듬었습니다 — 공간 자료처럼 전처리 선택이 결과를 좌우하는 분석일수록 필요한 "무엇을 어떻게 돌렸는지가 남는 틀"이 이렇게 넓어지고 있습니다.
무엇으로 이어지는가
종양 미세환경의 공간 지도는 그 자체가 목적이 아니라 다음 단계의 입력입니다 — 면역항암 반응 예측, 조직 구역별 바이오마커 발굴, 그리고 가상세포 모델이 학습할 "세포가 이웃과 함께 있을 때의 상태" 데이터. 공간 좌표가 붙은 오믹스는 가상실험이 조직 수준으로 올라서기 위한 바탕입니다.
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